Las comunidades microbianas del cuerpo se caracterizan por su diversidad taxonómica, metagenómica y metabólica. Éstas varían según los distintos sitios corporales e influyen en los procesos fisiológicos humanos. Sin embargo, sigue siendo escasamente explorado el momento y la forma en que los microorganismos de cada nicho del cuerpo adquieren características taxonómicas y funcionales únicas a estadíos tempranos de la vida.

Kjersti Aagaard y colaboradores del Baylor College of Medicine, (Houston, Texas) determinaron la composición taxonómica, la función metabólica potencial de la microbiota neonatal y del lactante temprano en diversos sitios corporales y evaluaron el efecto del modo de parto y sus potenciales factores modificadores o de confusión. Para esto, se reclutó una cohorte de embarazadas en su tercer trimestre (n = 81) y se estudiaron de forma prospectiva durante 6 semanas después del parto. Además, se evaluó un segundo grupo (n = 81) que fue emparejado con el anterior una vez ocurrido el nacimiento. Se analizaron muestras de múltiples sitios corporales, incluyendo heces, encías, nariz, piel y vagina para cada díada materno infantil. Finalmente, se realizó una secuenciación de genoma completo del gen del ARNr 16S para examinar la composición y función de la microbiota neonatal y materna.

Se encontró que la microbiota neonatal y sus vías funcionales asociadas eran relativamente homogéneas en todos los sitios del cuerpo al momento de nacer, con la notable excepción del meconio. Sin embargo, a las 6 semanas del parto, la estructura y función de la microbiota infantil se había expandido y diversificado sustancialmente, siendo el sitio del cuerpo el principal determinante de la composición y capacidad funcional. A pesar de que variaciones menores en la estructura de la comunidad microbiana se asociaron con la cesárea en algunos sitios del cuerpo (encías, nariz y piel, R2 = 0,038), estas no fueron significativas para las heces neonatales (Whitney P> 0,05), y no hubo diferencia observable en la función de la comunidad independientemente del modo de parto. Para los lactantes a las 6 semanas de edad, la estructura y función de la microbiota se había expandido y diversificado con una especificidad dependiente del sitio corporal (P <0,001, R2 = 0,189), pero sin diferencias discernibles entre los nacidos por vía vaginal o por cesárea (P= 0,057, R2 = 0,007).

En conclusión, en las primeras 6 semanas de vida, la microbiota infantil se somete a una reorganización sustancial, que es impulsada principalmente por el sitio del cuerpo y no por el modo de parto.