Varios estudios epidemiológicos han examinado la ingesta de café y el riesgo de enfermedades coronarias y otras alteraciones crónicas, pero los datos sobre su relación con la mortalidad son escasos. Algunos estudios han determinado que los bebedores de café son más saludables, una asociación inversa que se ha atribuido a un posible efecto de confusión. Sin embargo, recientemente se ha sugerido que dicha relación se debe a los efectos beneficiosos del consumo sobre la inflamación. En apoyo a esta hipótesis, una reciente investigación encontró una asociación inversa entre el consumo de café y varios marcadores de inflamación y disfunción endotelial. Además, en el NHS (estudio de salud en enfermeras) y HPFS (estudio de seguimiento de profesionales de salud), la ingesta de 6 o más tazas de café al día disminuía ligeramente el peligro de enfermedad coronaria mortal versus los no consumidores. Por otra parte, análisis epidemiológicos han señalado una asociación entre más consumo de café y un menor riesgo de diabetes tipo 2. Por último, también se ha sugerido que podría disminuir el peligro de algunos tipos de cáncer, como el hígado, colon, oral, faringe y esófago.

Docentes de las universidades de Harvard (Boston, Estados Unidos) y Autónoma de Madrid (España), evaluaron la relación entre el consumo de café y la mortalidad por enfermedades cardiovasculares (ECV), cáncer y por cualquier causa durante 18 años de seguimiento en hombres y 24 en las mujeres. Un modelo proporcional de Cox se utilizó para investigar las asociaciones y las incidencias. Participaron 41736 hombres y 86214 mujeres sin antecedentes de patologías cardiovasculares o cáncer. El consumo de café se evaluó primero en 1986 para los hombres y en 1980 para las mujeres y luego cada 2 a 4 años hasta el 2004. Los investigadores documentaron 6888 muertes (2049 debido a enfermedades cardiovasculares y 2491 a cáncer) en hombres y 11095 (2368 por enfermedades cardiovasculares y 5011 por cáncer) en mujeres.

Después de ajustar por edad, tabaquismo y otras condiciones cardiovasculares y factores de riesgo para el cáncer, los riesgos relativos de mortalidad por cualquier causa en hombres a través de categorías de consumo de café (<1 taza al mes, 1 taza al mes a 4 tazas por semana, 5 a 7 tazas por semana, 2 a 3 tazas por día, 4 a 5 tazas por día y más de 6 tazas por día) fueron 1.0, 1.07 (IC del 95%, 0.99 a 1.16), 1.02 (IC, 0.95 a 1.11), 0.97 (IC, 0.89 a 1.05), 0.93 (IC, 0.81 a 1.07) y 0.80 (IC, 0.62 a 1.04), respectivamente (P para la tendencia = 0.008). En mujeres, los riesgos relativos fueron 1.0, 0,98 (IC, 0.91 a 1.05), 0.93 (IC, 0.87 a 0.98), 0.82 (IC, 0.77 a 0.87), 0.74 (IC, 0.68 a 0.81) y 0.83 (IC, 0.73 a 0.95), respectivamente (P para la tendencia <0.001). Esta asociación inversa se debió principalmente a una reducción moderada del peligro de enfermedades cardiovasculares y mortalidad, siendo independiente de la cafeína. Por el contrario, el consumo no tuvo significación estadística con el riesgo de muerte por cáncer después de ajustar para posibles factores de confusión. El café descafeinado se asoció con una pequeña reducción de las causas de mortalidad y enfermedades cardiovasculares.

Se concluye que la ingesta regular de café no está asociada a un mayor índice de mortalidad en hombres o mujeres. Es necesario realizar investigaciones adicionales para sustentar la posibilidad de que el hábito tenga un modesto beneficio sobre la mortalidad por enfermedades cardiovasculares.