Estudios recientes demuestran que la técnica de edición genómica basada en repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente interespaciadas, asociadas a endonucleasa Cas9, más conocida como CRISPR / Cas9, se puede utilizar para dirigir la escisión específica de secuencias de ADN proviral propias del VIH en células infectadas (Mol Ther. 2016 Mar;24(3):522-6). Sin embargo, la maquinaria de reparación genómica de la célula, conocida como unión de extremos no homólogos (NHEJ, por sus siglas en inglés), al intentar compensar el quiebre en el ADN, puede introducir o eliminar nucleótidos, es decir generar inserciones o deleciones, respectivamente.

Chen Liang y su equipo de la Universidad McGill, en Montral, Canadá utilizaron linfocitos T infectados con VIH-1y evidenciaron que muchos de las inserciones y deleciones (in / dels) eran, en efecto letales para el patógeno, pero que otras dieron lugar a la replicación de virus competentes que son resistentes al sistema de edición génica. Esta inesperada contribución de la endonucleasa Cas9 (junto con la maquinaria de reparación celular) al desarrollo de esta clase de resistencia, es facilitada por algunas in / dels que no son perjudiciales (deletéreas) para la replicación viral, como resultado del cambio de secuencias del ADN blanco del sistema CRISP /Cas 9. De esta forma, el VIH es capaz de propagarse e infectar otras células, impidiendo su reconocimiento por los linfocitos T. 

En resumen, estas observaciones ilustran dos resultados opuestos del mecanismo de acción del sistema CRISPR / Cas9, por un lado, la esperada inactivación del VIH-1, y por otro, la aceleración del escape viral, con lo que potencialmente se limitaría el uso de la técnica como terapia para este patógeno.