Mapa de interacciones entre el VIH y el huésped en células T
Se seleccionaron 426 genes previamente implicados en el ciclo vital de la enfermedad, los que fueron analizados mediante CRISPR para entender su papel en la replicación.
Todos los virus dependen de la manipulación de la arquitectura molecular de sus células huéspedes y las proteínas y complejos que son necesarios o que facilitan la replicación viral se conocen como factores de dependencia, mientras que los inhibidores se conocen como factores de restricción.
Impedir la acción de los factores de dependencia o aumentar los de restricción puede reducir significativamente la replicación y la propagación del VIH y, por lo tanto, servirían como objetivos para la intervención terapéutica.
Un equipo de científicos de Northwestern Medicine examinó 426 genes previamente implicados en el ciclo de vida del VIH a través de estudios de interacción de proteínas para el knock-out mediado por CRISPR-Cas9 en células T CD4+ humanas primarias con el fin de evaluar sistemáticamente sus roles funcionales en la replicación del VIH.
Así, identificaron 86 factores candidatos del huésped (genes) que alteran la infección del VIH. 47 de estos factores se validaron mediante edición génica multiplex en donantes independientes, incluyendo 23 factores con actividad restrictiva. Tanto la eficacia de la edición de genes como los fenotipos del VIH-1 fueron altamente concordantes entre donantes independientes.
Es importante destacar que más de la mitad de estos factores no han sido descritos previamente como funcionales en la replicación del VIH, lo que proporciona numerosas vías novedosas para entender su biología.
A partir de ahí, el equipo validó los factores identificados eliminándolos de forma selectiva en nuevos donantes, donde encontraron una ruptura casi uniforme de las vías recién descubiertas y las bien investigadas.
Se designaron otros 46 nuevos factores de acogida candidatos y se comprobaron sistemáticamente los efectos sobre la viabilidad celular, las firmas de selección positiva y los efectos sobre el ciclo vital temprano o tardío.
La ampliación de este enfoque a otras dianas primarias del VIH, en particular las células residentes en los tejidos y las poblaciones mieloides, probablemente revelará funciones importantes para otros factores del huésped.
