La relación entre el asma, atopia y la inflamación subyacente de las vías respiratorias de tipo 2 (T2) es compleja. Aunque se sabe que la microbiota bacteriana que coloniza el tracto respiratorio difiere en los pacientes asmáticos, los marcadores fúngicos y bacterianos que sirven para la discriminación entre el asma y la atopia T2 alta (eosinofílica) y baja (neutrófila/inflamación mixta) todavía no se han identificado de forma completa.

El objetivo de este estudio fue caracterizar la estructura microbiótica fúngica de las vías respiratorias en pacientes asmáticos asociados con inflamación T2, atopia y parámetros clínicos clave. Para ello, investigadores de la Universidad de Chicago recolectaron muestras mediante cepillado endobronquial (CEB) y lavado broncoalveolar (LBA) de 39 asmáticos y 19 sujetos sanos, seguido de una secuenciación de ARN ribosomal 16S y de las regiones ITS (ADN espaciador) de la microbiota. Las secuencias se clasificaron en variantes de secuencia exactas. El fenotipo T2 se definió utilizando un recuento de eosinófilos en sangre con un umbral de 300 células/μL

La diversidad fúngica fue significativamente menor en las muestras de CEB de pacientes con inflamación T2 alta en comparación con T2 baja. Los géneros clave enriquecidos en sujetos con inflamación T2alta incluyeron Trichoderma, mientras que la especie Penicillium se presentó más en los afectados con atopia. En las muestras de LBA los géneros dominantes fueron Cladosporium, Fusarium, Aspergillus y Alternaria. Usando modelos lineales generalizados, los autores identificaron asociaciones significativas entre las variantes de secuencia exacta de hongos específicos y el VEF1, la fracción de los valores de óxido nítrico exhalado, recuentos de células del fluido BAL y el uso de corticosteroides. La investigación de los patrones de coocurrencia entre reinos (bacterianos-fúngicos) reveló diferentes topologías entre asmáticos e individuos sanos. Los modelos aleatorios con clasificadores fúngicos predijeron el estado de asma con una precisión del 75% para las muestras de fluido LBA y del 80% para las muestras de CEB.

Finalmente, los resultados de este estudio muestran claras diferencias en la microbiota bacteriana y fúngica en los fenotipos asociados al asma. Además, proporcionan apoyo adicional para considerar las firmas microbianas en la delineación de los fenotipos de la enfermedad respiratoria.