El caso documentado más antiguo por infección de VIH-1 proviene de una muestra de suero de Kinshasa en el Congo guardada desde 1959 y se estima que los acontecimientos más remotos del VIH datan del año 1931. El VIH-2 se ha detectado desde 1940. Hay bastante evidencia de que el VIH-1 proviene de chimpancés que viven en África Central y el VIH-2 de los monos mangabey provenientes de Senegal y Costa de Marfil, donde la población acostumbra a tenerlos como mascotas y en caso necesario, también los utilizan como alimento. Por lo tanto, se estima que la población humana se contagió por pasaje de virus desde los animales a los hombres y no por la vacuna antipolio como se creía. Es curioso que en simios con alta tasa de viremia no haya ningún síntoma ni depresión de los linfocitos CD4+, en cambio si se infecta un macaco o humano con los virus hay una inmediata baja de los CD4+ con las consiguientes infecciones oportunistas. Es así como se cree que los animales que actualmente tienen estos virus asintomáticos sean los sobrevivientes de una pandemia retroviral, por lo tanto, el sida ha resultado ser una zoonosis mal adaptada en un huésped relativamente nuevo o por último, es este huésped el que no ha podido adaptarse a la infección. Entonces se cree que los humanos a la larga logren adaptarse en la misma forma que lo hicieron los chimpancés.

Hay evidencias, por otra parte, que la presión inmunológica del hombre sobre el virus está causando cambios genéticos de las colonias del VIH. Por ejemplo la inmunogenicidad de parte de los virus que son blancos potenciales de los CD8+, ha sido drásticamente eliminada de los virus circulantes de la población humana, lo que sugiere cambios en la evolución del paciente patógeno. Hoy se sabe que los sitios de implantación del VIH, tanto anatómica como celular, condicionan el curso de la infección además de la capacidad de los medicamentos para reducir la viremia y eliminar los reservorios virales. El virus inserta su genoma en los genomas de células importantes del huésped y ahí se mantiene a pesar de la terapia, teniendo predilección por los CD4+.

Otras células que pueden ser infectadas por el VIH son las células dendríticas del recto o la vagina, de donde pasan a los ganglios correspondientes, también sea ha visto infección de macrófagos, aunque su rol de reservorio es poco claro. En iguales condiciones están los CD8+ y las células killer. Otros órganos en estudios son los ganglios linfáticos y el sistema nervioso central, el sistema ginecourinario a través del semen y la mucosa del cuello uterino, lugares donde las drogas llegan con dificultad. Es poco probable que con las drogas actuales e incluso con otras “superiores” se puedan erradicar los virus aún con tratamientos muy precoses ya que sus reservorios en las células T disminuyen muy lentamente, y se ha visto aparecer resistencia a los medicamentos en estos sitios. Por otro lado, se esta estudiando la posibilidad de reactivar los virus en estos reservorios, para ahí tratarlos con mas intensidad. Es una alternativa de los tratamientos de manutención.

Por ultimo, no hay que olvidar que se están estudiando vacunas contra el VIH, además se deben de investigar nuevos agentes terapéuticos que supriman la replicación viral mientras se vacían los reservorios. Por eso el conocimiento detallado de las células y los lugares en donde se replican los virus del VIH es crucial para este empeño.